Teljes genomszekvenálás Marfan-szindr.-s családnál

Rövid leírás

„Teljes genomszekvenálás soktagú Marfan-szindrómás családnál, RRF-2.3.1-21-2022-00003 azonosítószámú, »Nemzeti Kardiovaszkuláris Laboratórium« tárgyú projekt”

A részletes műszaki leírást a Közbeszerzési Dokumentumok tartalmazzák.

A beszerzés leírása

I. Nyertes Ajánlattevő feladata soktagú Marfan-szindrómás család tagjainak teljes genomszekvenálása, a fenotípus súlyosságát befolyásoló genetikai háttér azonosítására. 30 db vérminta teljes genomszekvenálása 30x-s lefedettséggel, továbbá a nyers adatok bioinformatikai elemzése.


Elvégzendő szekvenálási feladatok:
-A beérkező vérmintákból nukleinsav izolálása, a DNS minták minőségi ellenőrzése
- A DNS mintákból könyvtárak készítése, a könyvtárak minőségi ellenőrzése
- Szekvenálás 2x150 bp leolvasással, mintánként legalább 30X lefedettséggel
Bioinformatikai feladatok:
-Minták demultiplexálása
- Minőségi szűrés és QC
- Szűrt adatok térképezése
- Térképezési QC
- Bázis minőségi érték újra kalibráció
- Variánsok (SNPk és rövid INDELek) azonosítása
- Variánsok genotipizálása és minőségi szűrése
- Variánsok funkcionális annotálása
- Variánsok adatbázis annotálása
- Nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok megosztása a Ajánlatkérővel (Megrendelővel).

A szerződés keretösszege nettó 12.652.878,- Ft. Ajánlatkérő a keretösszeg 70 %-ára vállal lehívási kötelezettséget.

Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy a teljesítéshez szükséges informatikai és műszaki infrastruktúra biztosítása Nyertes ajánlattevő feladatát képezi az alábbiak szerint:

- szekvenálási technológia,
- teljes genom szekvenálási képesség
- leolvasási hossz: 2x150 bázispár,
- átlagos lefedettség: mintánként legalább 30X,
-
- nyers FASTQ fájlok, köztes adatok (BAM, QC riportok) és VCF fájlok kezelése és megosztása
,

Részletesen a közbeszerzési dokumentumok részét képező Közbeszerzési műszaki leírásban foglaltak szerint.
II. Az értékelés módszere:
Ajánlatkérő az ajánlatokat a Kbt. 76. § (2) bekezdés c) pontja szerint a legjobb ár-érték arány szempontja alapján bírálja el.
Az értékelés módszere az „ár” értékelési részszempont esetében a fordított arányosítás, a minőségi kritérium esetében a pontkiosztás.
Ajánlatkérő a „Genomszekvenálás és bioinformatikai analízis nettó egységára (HUF/db)” értékelési részszempont alatt 1 db vérminta teljes genomszekvenálásával és bioinformatikai elemzésével kapcsolatos valamennyi feladat költségét érti.

Az értékelés során adható pontszám alsó és felső határa: 0–10 pont.
Pontkiosztás esetén adható válaszok: „igen” vagy „nem”. „Igen” válasz esetén a pontkiosztás módszere szerint 10 pont, „nem” válasz esetén 0 pont.
Minőségi értékelési szemponttal kapcsolatos információk (részletek: Közbeszerzési dokumentumok, IV. Fejezet, 4. pont.)

További információk

1. Ajánlatkérő nem követeli meg és nem teszi lehetővé projekttársaság létrehozását, illetve nem teszi lehetővé többváltozatú (alternatív) ajánlat benyújtását.
2. Ajánlatkérő tárgyi eljárás előkészítése során előzetes piaci konzultációt folytatott le (EKR000576002024). Ajánlatkérő tárgyi eljárás során nem alkalmazza a Kbt. 75. § (2) bekezdés e) pontja szerinti eredménytelenségi ok lehetőségét.
3. Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy a felhívásban rögzített szerződés kezdő dátuma csak tájékoztató jellegű, az változhat az eljárás lefolytatásának időigényére tekintettel. A Szerződés a Felek általi kölcsönös aláírás napján lép hatályba. A szerződés hatálya 2026.02.28-ig vagy jelen felhívásban rögzített keretösszeg kimerüléséig tart.
4. Ellenőrzés módja: a 2014–2020 programozási időszakban az egyes európai uniós alapokból származó támogatások felhasználásának rendjéről szóló 272/2014. (XI.5.) Korm. rendelet szerinti folyamatba épített ellenőrzés.
5. Ajánlatkérő nem biztosítja a részekre történő ajánlattételt, tekintettel arra, hogy a szerződés tárgya egyetlen műszaki egységet képező, további egységekre nem bontható szolgáltatás. A genomszekvenálás végzése nem elválasztható a bioinformatikai analízistől, mert a bioinformatikai analízis minősége nem garantálható olyan adatokból, amelyeket nem az állított elő, aki azoknak a genomszekvenálását végzi.

Az ajánlatok felbontásának feltételei (Tájékoztatás a felhatalmazott személyekről és a felbontási eljárásról)

Az ajánlattételi határidőig elektronikusan beérkezett ajánlatok bontását az EKR automatikusan, az ajánlattételi határidő lejártát követően 2 órával később kezdi meg. A bontás szabályait a 424/ 2017. (XII.19.) Kr. (EKR rendelet) 15. §-a és a Kbt. 68. §-a tartalmazza.

A kiválasztási kritériumok listája és rövid leírása

M1.) és M2.) közös rendelkezései: A Kbt. 67. § (1)-(2) bekezdés és 321/2015. (X.30.) Korm. rendelet 1. § (1) bekezdés alapján ajánlattevőnek - adott esetben kapacitást nyújtó szervezetnek/személynek - az EEKD benyújtásával kell előzetesen igazolnia, hogy megfelel az alkalmassági követelményeknek.

Ajánlatkérő e körben elfogadja az érintett gazdasági szereplő egyszerű nyilatkozatát, azaz az EEKD IV. Rész „α:(alfa) szakaszát kell kitölteni, a további részeket nem. Az EEKD-t a közös ajánlattevők képviseletében az ajánlatot benyújtó gazdasági szereplő teszi meg.

------------------------

Az előírt alkalmassági követelményeknek a közös ajánlattevők a Kbt. 65. § (6) bek. szerint felelhetnek meg. Ajánlattevő az előírt alkalmassági követelménynek a Kbt. 65. § (7) bek. foglaltaknak megfelelően bármely más szervezet (személy) kapacitására támaszkodva is megfelelhet. A kapacitásait rendelkezésre bocsátó az előírt igazolási módokkal azonos módon köteles igazolni az adott alkalmassági feltételnek történő megfelelést, továbbá köteles nyilatkozni, hogy a szerződés teljesítéséhez szükséges erőforrások rendelkezésre állnak majd a szerződés teljesítésének időtartama alatt.

A Kbt. 69.§ (11a) bekezdése értelmében nem kérhető a gazdasági szereplőtől olyan igazolás benyújtása, amelyet a Semmelweis Egyetem részére a gazdasági szereplő korábbi közbeszerzési eljárásban az EKR-ben elektronikus úton már benyújtott. Ebben az esetben a gazdasági szereplő nyilatkozik arról, hogy mely korábbi eljárásban benyújtott igazolást kéri figyelembe venni a bírálat során.

Ajánlatkérő felhívja a figyelmet a 321/2015. (X.30.) Korm. rendelet 21/A. §, 22. § (4) bekezdés, a 24. § (1),(5) bek. és a Kbt. 65. § (6)-(7), (9), (11)-(12) bek., a 67. § (3) bek., a 69. § (11)-(11a) bek. és a 140. § (9) bek. alkalmazására.

A kiválasztási kritériumok listája és rövid leírása

M1.): M/1.) A 321/2015. (X. 30.) Korm. rendelet 21. § (3) bekezdés a) pontja alapján ajánlattevő ismertesse az ajánlati felhívás feladásától visszafelé számított 3 évben (36 hónapban) teljesített legjelentősebb szolgáltatásait, legalább az alábbi tartalommal:
• a szerződés tárgya olyan részletességgel, hogy abból az alkalmassági feltételnek való megfelelés megállapítható legyen,
• a szolgáltatás mennyisége (db),
• a teljesítés ideje (kezdő és befejező időpontja év/hónap/nap, megjelöléssel),
• a szerződést kötő másik fél megnevezése, címe, a referenciát nyújtó személy neve, elérhetősége,
• nyilatkozat arról, hogy a teljesítés az előírásoknak és a szerződésnek megfelelően történt-e,
• saját teljesítés aránya (%, adott esetben, közös ajánlattevőként való teljesítés esetén).

Az alkalmassági követelménynek való megfelelést (referenciát) a 321/2015. (X.30.) Kr. 22. § (1) bekezdése szerint az alábbi módon kell igazolni,
• ha a szerződést kötő másik fél a Kbt. 5. § (1) bek. a)-c), valamint e) és f) pontja szerinti szervezet, illetve nem magyarországi szervezetek esetében olyan szervezet, amely a 2014/24/EU európai parlamenti és tanácsi irányelv alapján ajánlatkérőnek minősül, az általa kiadott vagy aláírt igazolással;
• ha a szerződést kötő másik fél az előzőekhez képest egyéb szervezet, az általa adott igazolást vagy az ajánlattevő, illetve az alkalmasság igazolásában részt vevő más szervezet nyilatkozatával.


Ajánlatkérő a vizsgált időszak alatt befejezett, de legfeljebb hat éven belül megkezdett szolgáltatásmegrendeléseket veszi figyelembe.

Folyamatban lévő szerződések akkor mutathatók be referenciaként, ha azokból egyértelműen megállapítható, hogy a fent megadott teljesítés(ek)re az ajánlati felhívás feladásának időpontjától visszafelé számított 36 hónapban került sor.

A 321/2015. (X.30.) Korm. rendelet 21/A. § alapján Ajánlatkérő a teljesítés igazolásaként köteles elfogadni annak igazolását is, ha a referenciakövetelményben foglalt eredmény vagy tevékenység a szerződés részteljesítéseként valósult meg.

---

Az alkalmasság minimumkövetelménye(i):
M1.) Alkalmatlan az ajánlattevő, ha nem rendelkezik az ajánlati felhívás feladásától visszafelé számított 36 hónapban egy vagy több, az előírásoknak és a szerződésnek megfelelően teljesített, genomszekvenálásra és/vagy bioinformatikai analízisre vonatkozó referenciával, amely(ek) során összesen legalább 15 db minta genomszekvenálását és/vagy bioinformatikai analízisét elvégezte.

Az M1.) minimumkövetelmény több referenciával is igazolható.

A kiválasztási kritériumok listája és rövid leírása

M2.): M/2.)
Ajánlattevőnek/ kapacitást nyújtó szervezetnek (személynek) a 321/2015. (X.30.) Korm. rendelet 21. § (3) bekezdés b) pontja alapján az ajánlatban csatolnia kell azoknak a szakember(ek)nek (szervezet(ek)nek) a megnevezését, végzettségük, szakmai tapasztalatuk ismertetésével, aki(ke)t be kíván vonni a teljesítésbe.
Az ajánlatban csatolandó továbbá:
- a szakember (szervezet) által aláírt rendelkezésre állási nyilatkozata,
- a szakember által aláírt szakmai önéletrajz olyan formában és tartalommal (év/hónap bontásban, a konkrét végzett tevékenység megjelölésével), hogy abból az előírt alkalmassági követelmény megléte egyértelműen megállapítható legyen. Ajánlatkérő a gyakorlati idő meglétét az önéletrajz alapján ellenőrzi.
- releváns képzettséget, illetve végzettséget igazoló dokumentumok másolata.

--------------------------------

Az alkalmasság minimumkövetelménye(i):
M2) Alkalmatlan az ajánlattevő, ha nem rendelkezik legalább 1 fő, bioinformatikus végzettségű, teljesítésbe bevonni kívánt szakemberrel, aki min. 12 hónap genomszekvenálásra és/vagy bioinformatikai analízisre vonatkozó szakmai tapasztalattal bír.
Ajánlatkérő a bioinformatikus végzettséggel egyenértékűnek ismeri el a biológusi és informatikai végzettségek, illetve ezekkel egyenértékű végzettségek együttes meglétét. A biológus végzettséggel egyenértékűnek fogadja el Ajánlatkérő a biotechnológus, molekuláris biológus és orvosi biotechnológus végzettségeket; míg az informatikai végzettséggel egyenértékűnek a mérnökinformatikus végzettséget.

A gyakorlati idő ismertetése során a tevékenységek bemutatása év-hónaptól év-hónapig bontásban történjen. Az időben párhuzamos gyakorlati idők csak egyszer számítanak bele az adott szakember(ek) szakmai tapasztalatába.

A főbb finanszírozási feltételek és fizetési szabályok és/vagy hivatkozás az ezeket szabályozó vonatkozó rendelkezésekre

Az ajánlattétel, a szerződéses és a kifizetés pénzneme: forint (HUF).
Ajánlatkérő előleget nem fizet.
Finanszírozás formája: utófinanszírozás. A támogatás intenzitása: 100 %.
Ajánlatkérő (Megrendelő) az eseti megrendelésekhez kapcsolódó kifizetést utólag, az igazolt teljesítést követően a Kbt. 135. § (1), (5)-(6) és (10) bekezdései szerint, az adott számla kézhezvételétől számított 30 napon belül banki átutalással teljesíti a Ptk. 6:130. § (1)-(2) bekezdései alapján.
A számla kötelező melléklete az Ajánlatkérő által kiállított teljesítésigazolás, a teljesítésigazolásnak tartalmaznia kell a mennyiséget, egységárat.

Ajánlatkérő felhívja a figyelmet a Kbt. 27/A. §-ában foglaltakra.

A részletes finanszírozási és fizetési feltételeket a közbeszerzési dokumentumok részeként rendelkezésre bocsátott szerződéstervezet tartalmazza.

A szerződés teljesítésének feltételei

Ajánlatkérő felhívja Ajánlattevők figyelmét a Kbt. 136. § (1) bekezdésében foglaltakra a kifizetéseket illetően, illetve a 143. § (3) bekezdésében foglalt speciális felmondási okra.

Késedelmi kötbér: a napi kötbér mértéke az adott feladat elszámolással érintett nettó havi vállalkozói díj 1 %-a a késedelem napjaira vetítetten, de a nettó havi vállalkozói díj 20 %-át nem haladhatja meg.
Hibás teljesítés: A szavatossági jogok nyertes ajánlattevő általi késedelmes teljesítése esetén Ajánlatkérő késedelmi kötbérre jogosult.

Meghiúsulási kötbér: a nettó fel nem használt keretösszeg 25 %-a.

A pénzügyi teljesítés és a finanszírozás részletes feltételeit a közbeszerzési dokumentumok részeként rendelkezésre bocsátott szerződéstervezet tartalmazza.

1. Ajánlatkérő jelen közbeszerzési eljárásra a Kbt. 40. § alapján az EKR-ben történő lebonyolítást írja elő. Az eljárásban való részvétel előfeltétele az EKR rendszerben történő ajánlattevői regisztráció.
2. Az ajánlatot az EKR rendszeren keresztül, az ajánlattételi határidő lejártáig kell benyújtani. A nyilatkozatok EKR-n való benyújtásának elektronikus formájáról a Kbt. 41/A. § rendelkezik.
3. A Kbt. 71. § (6) bek. alapján Ajánlatkérő egy alkalommal rendel el újabb hiánypótlást.
4. Közös ajánlattétel esetén a Kbt. 35. §-ban foglaltak szerint kell eljárni. Közös ajánlat esetén csatolni kell az ajánlattevők nyilatkozatát, melyben kijelölik maguk közül azt az ajánlattevőt, aki a közös ajánlattevők nevében eljárni jogosult és a közös ajánlattevőket a közbeszerzési eljárás során kizárólagosan képviseli, és amelynek a cégjegyzésre jogosult képviselője a közös ajánlattevők nevében hatályos jognyilatkozatot tehet. A meghatalmazásnak (megállapodásnak) ki kell terjednie arra, hogy a közös ajánlattevők képviseletére jogosult gazdasági szereplő az eljárás tekintetében az EKR-ben elektronikus úton teendő nyilatkozatok megtételekor az egyes közös ajánlattevők képviseletében eljárhat. Csatolni kell továbbá a közös ajánlattevők együttműködési megállapodását.
5. Csatolandó a kapacitást biztosító szervezet (vagy személy) részéről szerződésben, előszerződésben vagy más formában vállalt kötelezettségvállalását tartalmazó okirat az erőforrások rendelkezésre állásáról a Kbt. 65. § (7) bekezdése szerint. A kötelezettségvállalást tartalmazó okiratnak tartalmaznia kell - a Kbt. 65. § (8) bekezdése szerinti szervezet részéről az ajánlatban csatolni kell - az AT részére szóló meghatalmazást arra, hogy az EKR-ben elektronikus úton teendő nyilatkozatok megtételekor az adott szervezet képviseletében eljárhat.
6. Az ajánlatnak tartalmaznia kell az alábbiakat: Benyújtandó a jogi személynek minősülő ajánlattevő, valamennyi közös ajánlattevő, illetőleg - ha ilyet az ajánlattevő az alkalmasság igazolásához igénybe vesz - az alkalmasság igazolásához kapacitást biztosító, cégkivonata szerint cégjegyzésre jogosult azon képviselő(k) aláírási címpéldányának (ügyvéd vagy kamarai jogtanácsos által ellenjegyzett aláírásmintájának) egyszerű másolati példánya, akik aláírásukkal ellátták az ajánlatot (ajánlatban szereplő iratot).
7. Amennyiben az ajánlatban szereplő bármely iratot nem a cégjegyzésre jogosultak írták alá, akkor csatolni kell a cégjegyzésre jogosult személytől származó, teljes bizonyító erejű magánokiratba foglalt meghatalmazást, amely a meghatalmazott aláírását is tartalmazza. Amennyiben a gazdasági társaság önálló cégjegyzésre jogosult képviselője meghatalmazza valamely munkavállalóját jognyilatkozat megtételére, akkor a Ptk. 3:30. § (3) bekezdése és a Ptk. 6:15. §-a együttesen alkalmazandó, ezért a meghatalmazott munkavállaló a képviseleti jogot csak az ügyvezetés írásbeli nyilatkozatában meghatározott, képviseleti joggal rendelkező más személlyel együttesen gyakorolhatja.
8. Ajánlatkérő a Kbt. 41/B.§ alapján az ajánlatban csatolmányként benyújtott dokumentumok tekintetében .pdf és/vagy jpeg kiterjesztésű formátumot írja elő.
9. Az ajánlattal benyújtandó EKR űrlapok jegyzéke:
- Felolvasólap,
- Kbt. 66. § (2) bek,
- Kbt. 62. § (1) bek. k) kb) (AK felhívására, az eljárás bírálati szakaszában),
- Kbt. 62. § (1) bek. k) kc) (AK felhívására, az eljárás bírálati szakaszában),
- Kbt. 67. § (4) bek.,
- Nyilatkozat folyamatban lévő változásbejegyzési eljárásról (nemleges tartalom esetén is),
- Kbt. 66. § (6) bek. (nemleges tartalom esetén is),
- Kbt. 65. § (7) bek.(nemleges tartalom esetén is),
- Nyilatkozat üzleti titokról (nemleges tartalom esetén is),
- EEKD az alkalmasság és a kizáró okok fenn nem állásának előzetes igazolására.
10. Benyújtandók a közbeszerzési dokumentumokban előírt további nyilatkozatok
11. Csatolandó a minőségi értékelési szempontra tett IGEN megajánlás esetén a szakember szakmai önéletrajza, valamint publikáció említése esetén annak másolata is.
12. Ajánlattevő nyújtsa be nyilatkozatát arra vonatkozóan, hogy rendelkezésére áll, vagy legkésőbb a szerződéskötés napjára rendelkezésére fog állni a vizsgálatok költséghatékony elvégzéséhez szükséges infrastruktúra és technológia.
13. Az EKR üzemeltetését és fenntartását az Új Világ Nonprofit Szolgáltató Kft. végzi.
14. Az ajánlatot magyar nyelven kell elkészíteni. Ha a dokumentum nem magyar nyelven kerül kiállításra, azt Ajánlattevő magyar nyelvű fordítással együtt köteles becsatolni, a Közbeszerzési dokumentumokban és a Kbt. 47.§ (2) bek.-ben meghatározottak szerint.
15. A jelen felhívásban és a kapcsolódó dokumentumban nem szabályozott kérdésekben a Kbt., valamint annak végrehajtási rendeletei, a 424/2017. (XII. 19.) Korm. r., illetve a Ptk. rendelkezései megfelelően irányadóak.
16. EKR üzemzavara esetén az EKR rendelet 16-17. §-ában és 22. §-ában foglaltak az irányadóak.
17. Ajánlatkérő felhívja a figyelmet a Kbt. 131. § (4) bek-re.
18. A követelmények részletes leírását a közbeszerzési dokumentumok tartalmazzák.
19. Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy az eljárásban a minősített ajánlattevők hivatalos jegyzékéhez képest szigorúbban állapította meg az alkalmassági feltételeket és azok igazolását.
20. Ajánlattevőnek az ajánlata részeként nyilatkoznia kell az ukrajnai helyzetet destabilizáló orosz intézkedések miatt hozott korlátozó intézkedésekről szóló 833/2014/EU tanácsi rendelet 5k. cikk (1) bekezdése szerinti tilalomról.
21. A Kbt. 55.§ (7) bek. alapján az ajánlattevőnek a korábban benyújtott ajánlatot az új ajánlat megtétele előtt vissza kell vonnia.
22. Ajánlatkérő nem biztosítja a részekre történő ajánlattételt, tekintettel arra, hogy a szerződés tárgya egyetlen műszaki egységet képező, további egységekre nem bontható szolgáltatás. A genomszekvenálás végzése nem elválasztható a bioinformatikai analízistől, mert a bioinformatikai analízis minősége nem garantálható olyan adatokból, amelyeket nem az állított elő, aki azoknak a genomszekvenálását végzi.