A beszerzés leírása
I. Nyertes Ajánlattevő feladata az Ajánlatkérő részére RT-PCR módszerrel SARS-CoV-2 vírusra pozitív mintákból genomszekvenálás (SARS-CoV-2 genomikai változásainak követésére szolgáló, ún. variánsmonitorozást megalapozó laboratóriumi vizsgálat) és bioinformatikai analízis végzése, és havi egyszeri mintaszállítás a Semmelweis Egyetem, Laboratóriumi Medicina Intézet székhelye és a genomszekvenálás helyszíne között, a genomszekvenáláshoz szükséges, megfelelő szállítási körülmények biztosításával.
Mintaszállítás: RT-PCR módszerrel SARS-CoV-2 vírusra pozitív minták szállítása a Semmelweis Egyetem Laboratóriumi Medicina Intézetből (Központi Betegellátó Épület 1. emelet, 1082 Budapest, Üllői út 78/a. 1 em.) az Ajánlattevő laboratóriumába fagyasztott állapotban, -20 Celsius fok alatti hőmérsékleten, a csomagok sérülésmentes és szakszerű szállításával. A szállítás előtt a minták szakszerű, sérülésmentes szállítást biztosító becsomagolását a nyertes ajánlattevő végzi. A mintaszállítás részét képezi a szállításhoz szükséges szállítólevél kiállítása, valamint a csomagoláshoz szükséges szárazjég, csomagolóanyagok és polisztirol doboz biztosítása is.
Minták kiválasztása: Ajánlattevő havi egy alkalommal felveszi a kapcsolatot az Ajánlatkérő kijelölt munkatársával a következő hónapban esedékes minták szállításának megszervezése céljából. A szállítás napját legkésőbb a szállítást megelőző hónap 15. napjáig le kell egyeztetni írásban, elektronikus levél formájában. A szállításnak legkésőbb a tárgyhó 5. napjáig kell megtörténnie. Az elemzésre szánt mintákat a Semmelweis Egyetem Laboratóriumi Medicina Intézet munkatársai választják ki az Ajánlatkérő útmutatása alapján, és a sérülésmentesen tárolt mintákat csomagolásra készen összekészítik az Ajánlattevő számára.
A vállalkozási keretszerződés hatálya alatt ajánlatkérő tervezetten 1672 db minta genomszekvenálását és bioinformatikai analízis ellátását fogja megrendelni.
A szerződés keretösszege nettó 83 600 000,- Ft. Ajánlatkérő a keretösszeg 70 %-ára vállal lehívási kötelezettséget.
Nyertes Ajánlattevő által ellátandó főbb feladatok (részletek a műszaki leírásban!):
- A minták érkeztetése, minőségi ellenőrzése, eredmény elektronikus megküldése Ajánlatkérőnek, könyvtárak készítése, mennyiségi és minőségi meghatározása.
- Szekvenálás 2x150 bázispár leolvasási hosszal, legalább 500x-os átlagos lefedettséggel, mintánként 1 000 000 leolvasással PE módban (paired end leolvasás két oldalról).
- Bioinformatikai analízis a következő főbb kritériumokkal:
a) primer szekvenciák levágása/trimmelése
b) konszenzus szekvenciák elkészítése FASTA formátumban és minőségi indikátorok megadása (például nukleotidonként átlagos PHRED score; konszenzus 0/0, hogy az adott nukleotid mennyire volt egységes a readek között);
c) az egyes genomokban azonosított variánsok listázása VCF formátumban;
d) a minőségi követelményeket figyelembe véve a 20x-os lefedettségnél alacsonyabb vírus genomi régióinak maszkolása az „N” általános nukleotid beépítésével;
e) az elemzés naptári napjának megfelelő legfrissebb Pangolin adatbázissal történő vírus annotálás;
f) az adatelemzésre használt pipeline és az alkalmazott algoritmusok verziókövetésének biztosítása;
g) az eredményeket tartalmazó könyvtárstruktúra kialakítása az Ajánlatkérővel előre egyeztett formában;
h) az egyes mintacsomagok reprodukálható elemzésének biztosítása érdekében az Ajánlattevő köteles megjelölni a felhasznált programok és szoftverek verziószámát az elkészített riportban.
- Az Ajánlattevő köteles minden minta tekintetében a műszaki leírásban részletezett adatokat (pl. mintaazonosító kód, genomszekvenálás dátuma, a Pangolin klasszifikáció, a GISAID EpiCoV platformra feltöltött szekvencia azonosítója stb.) Ajánlatkérő számára írásban elektronikusan megküldeni a mintaküldéstől számított maximum 20 munkanapon belül.
- A GISAID EpiCoV platformra történő feltöltést minden minta esetében az Ajánlattevő végzi a mintaküldéstől számított maximum 20 munkanapon belül.
- Az Ajánlattevő elektronikus formában az Ajánlatkérő rendelkezésére bocsátja az eredményeket összefoglaló magyar nyelvű riportot, az elemzés eredményeként képződött nyers adatfile-t, VCF és FASTA file-okat minden egyes mintára vonatkozóan, a mintaküldéstől számított maximum 20 munkanapon belül (ajánlattevő vállalása szerint).
- Az eredményeket összefoglaló magyar nyelvű riport készítése DOCX/PDF és XLSX formátumban, az Ajánlatkérővel egyeztettet tartalomnak megfelelően, de minimum a következő: a) az adott mintára vonatkozó read számok;
b) az adott minta átlagos lefedettsége;
c) az adott minta Pangolin klasszifikációja.
- Az eredményfájlok megosztása SFTP szerveren a megfelelő autentikáción (felhasználó név és jelszó) keresztül.
- Az Ajánlattevő minden nukleinsav mintaszállítmány tekintetében elkészít egy rövid technikai riportot, ami összefoglalja a kért szekvenálás eredményeit. Az Ajánlattevő a riportot írásban elektronikus formában az Ajánlatkérő rendelkezésére bocsátja, a mintaküldéstől számított maximum 20 munkanapon belül (ajánlattevő vállalása szerint).
- 2026 februárjában az Ajánlattevő újra klasszifikálja a projekt megvalósítása során addig keletkezett összes vírusgenomot az éppen aktuális Pangolin-verzióval és átadja az eredményeket az Ajánlatkérő részére.
- Ajánlattevő a szerződés teljes időtartama alatt vállalja az adatok biztonságos redundáns tárolását.
Ajánlatkérő felhívja a figyelmet arra, hogy a teljesítéshez szükséges informatikai és műszaki infrastruktúra biztosítása Ajánlattevő feladatát képezi az alábbiak szerint:
- szekvenálási technológia alapja: szekvenálás szintézissel,
- SARS-CoV-2 vírus minta teljes genom szekvenálási képesség: paralell 2 x 384 (768) darab SARS-CoV-2 vírus minta 24 órán belül,
- leolvasási hossz: 2x150 bázispár,
- átlagos lefedettség: minimum 500-szoros,
- mintánkénti leolvasások száma: mintánként 1 000 000 leolvasás,
- leolvasási mód: PE módban (paired end leolvasás két oldalról),
- tárolókapacitással és analízis algoritmus: alkalmas 1672 SARS-CoV-2 vírus genom szekvenálásból származó nyers adatfile-ok, VCF és FASTA file-ok tárolására, illetve alkalmas primer szekvenciák levágására, konszenzus szekvenciák elkészítésére FASTA formátumban,
- keletkezett konszenzus szekvencia adatok lefedettsége minden pozícióra: legalább 20-szoros,
- 20x lefedettségnél alacsonyabb vírus genomi régióinak maszkolása: az „N” általános nukleotid automatizált beépítésével történik.
Folytatás a II.2.14) pontban